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Un script, posté dans le forum par Cactus et rapporté par Amir Inbar peut être utilisé pour créer tous les répertoires nécessaires (autant pour les nouveaux utilisateurs que pour ceux qui existent déjà) :

# create skellaton for new users :

mkdir -p 
/etc/e-smith/skel/user/Maildir/{.LearnAsHam/{cur,new,tmp},.LearnAsSpam/{cur,new,tmp},.LearnInWL/{cur,new,tmp}}

# create folders for exsisting users :

pushd /home/e-smith/files/users/; \
for u in `ls | grep -v admin`; \
do \
mkdir -p $u/Maildir/.LearnAsHam/{cur,new,tmp}; \
chown -R $u:$u $u/Maildir/.LearnAsHam/; \
mkdir -p $u/Maildir/.LearnAsSpam/{cur,new,tmp}; \
chown -R $u:$u $u/Maildir/.LearnAsSpam/; \
mkdir -p $u/Maildir/.LearnInWL/{cur,new,tmp}; \
chown -R $u:$u $u/Maildir/.LearnInWL/; \
done; \
popd

Merci à eux.